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染色质免疫共沉淀测序技术

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发表时间:2017-05-23 17:11作者:伊斯通生物科技

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究细胞内蛋白质与DNA互作的工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的全基因组研究。这一方法将ChIP与高通量测序相结合,也就是ChIP-Seq技术。它能够在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA。

ChIP-Seq的原理可概括为:

首先,通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与测序文库构建;

然后,对富集得到的DNA片段进行高通量测序。将获得的序列定位到基因组上,根据序列富集来计算出与组蛋白、转录因子等互作的DNA信息。

实验流程:

(1)甲醛交联整个细胞或组织,也可以不采用交联的方式,这一步走将目标蛋白与染色质固定起来;

(2)分离细胞核,并用超声波或者核酸酶将染色质剪断;

(3)与目标蛋白质特异的抗体孵育成复合体;

(4)去交联或直接开展下面步骤;

(5)提取DNA,构建测序文库;

(5)将DNA文库样本进行测序。

     

chip-seq.jpg





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